Những sửa đổi, bổ sung liên quan đến đối tượng tham gia Hội khỏe Phù Đổng; số môn thi đấu và hình thức tổ chức thi đấu.
Cụ thể, đối tượng được tham dự Hội khỏe Phù Đổng là học sinh đang học tại các loại hình trường phổ thông, bao gồm: Tiểu học, THCS, THPT, trường phổ thông có nhiều cấp học, các trung tâm giáo dục thường xuyên và bổ túc văn hóa, trong năm học 2015 – 2016; có đủ sức khỏe thi đấu môn thể thao mà học sinh đó đăng ký tham gia; có kết quả xếp loại học lực từ trung bình trở lên và hạnh kiểm từ khá trở lên (không áp dụng đối với học sinh tiểu học).
Đối tượng không được tham dự là học sinh là vận động viên đang được đào tạo tại các trung tâm đào tạo vận động viên của tỉnh, thành phố, quốc gia và trường năng khiếu thể thao (do ngành Thể dục thể thao thành lập) các học sinh đã tham gia các giải vô địch quốc gia về các môn thể thao; các học sinh đã đoạt huy chương Vàng, Bạc và Đồng tại các giải trẻ quốc gia (từ U 17 trở lên) do Tổng cục Thể dục Thể thao và các liên đoàn thể thao quốc gia tổ chức.
Số môn thi đấu được bổ sung, như sau: Tại Vòng thi đấu toàn quốc, giữ nguyên 15 môn thể thao như Điều lệ đã ban hành;
Tại Vòng thi đấu khu vực: Bổ sung tối đa 2 môn thể thao cổ truyền đặc trưng theo địa phương, vùng, miền (do các khu vực lựa chọn và đề xuất). Mỗi môn tổ chức không quá 05 nội dung, do Ban Tổ chức Khu vực quyết định.
Hình thức tổ chức thi đấu được bổ sung, như sau: Hội khỏe Phù Đổng được tổ chức thi đấu 2 hệ (nâng cao và phong trào) đối với 3 môn thể thao: Điền kinh, Bơi và Cờ vua;
Hệ nâng cao: Dành cho các đối tượng học sinh được quy định tại điểm b khoản 1 của Quyết định này. Hệ phong trào: Dành cho đối tượng học sinh còn lại.